Abgesehen von Chaukensiedlungen um den Beginn der Zeitenrechnung, konnte die Gemeinde nach Anhebung des Meeresspiegels um inzwischen rund 20m nur auf Wurten bzw. nach erfolgtem Deichbau bewohnt werden. Die ersten Bewohner der Gemeinde entstammen der Häuptlingsfamilie Hayo (oder Heio), die in Lynebrok (Linebrok) Burg und Kirche auf einer Wurt errichteten.

Nachdem die Friesen zum christlichen Glauben übertraten, soll ca. 1020/1200 in Linebrok die erste Kirche gestanden haben. In zwei Fehden mit dem Bremern (um ca. 1400) und Oldenburger (Graf Gerd, 1463) wurden Kirchen und Burg zerstört. Die eigentliche Besiedlung begann nach 1500. Nun entstanden die Kirchspiele Großenmeer, Oldenbrok, Ovelgönne und Strückhausen, schließlich im Jahr 1514 nach Unterwerfung der Stadländer und Butjadinger Graf Johann von Oldenburg die Burg Ovelgönne. Sie wurden aus den Material abgebrochener Ringmauern erobert Wehrkirchen erbaut, unter Graf Anton verstärkt und als Residenz eingerichtet.

Für die Wesermarsch war Ovelgönne Verwaltungssitz unter einem Drosten. Zugleich hielt hier ein rechtskundiger "Domdeler" Gericht für das Stad- und Butjadingerland nach dem Rüstringer "Asegabuch", 1583 wurde die Festung Ovelgönne verstärkt und eine Schlosskirche eingerichtet. Im Dreißigjähriger Krieg quartierten sich hier (1621-1631) vier Kompanien kaiserlicher Truppen ein. Die dänische Regierung ließ Schloss und Festungswerk 1677 niederreißen. Trotz seiner Bedeutung als Amt- und Gerichtssitz (bis 1879) blieb Ovelgönne ein Flecken.

Seit der Jahrhundertwende, mit zunehmender Konzentration des wirtschaftlichen, politischen und gesellschaftlichen Lebens in der Hafenstadt Brake, wurde Ovelgönne als Verwaltungsmittelpunkt der Wesermarsch zusehendes bedeutungsloser.

Im Rahmen der Gebietsreform wurden 1974 die ehemals selbstständigen Gemeinden Oldenbrok und Ovelgönne zu der Gemeinde Ovelgönne zusammengeschlossen.